Менее вероятно, что фамилия Пронин происходит от названия реки Проня. Существует две реки с таким названием: одна из них протекает в Могилёвской области Республики Беларусь (правый приток Сожа), вторая — в Рязанской и Тульской областях России (правый приток реки Оки). Возможно, основатель рода Прониных жил на берегу какой-то из этих рек. Проня, со временем получил фамилию Пронин.

Проня может быть уменьшительной формой нескольких имен: Прокл. (Проклов), Прокопий (Прокопьев), Протастй (Протасий), Прохор (Прохоров). В словаре русских имен Петровского для имени Протасий сокращенная форма Проня не указывается, зато есть редкое крестильное имя Апрониан, с производной формой Проня.